| 管理机构 | ||
党政办公室、合作发展处、教育发展基金会办公室（板桥校区建设与管理领导小组办公室） | 党委组织部、党委统战部(党校) | |
| 党委宣传部（校报编辑部与资讯中心） | 纪委办公室（党委巡察办公室） | |
纪委执纪审查室 | 党委教师工作部、人事处、教师发展中心 | |
党委学生工作部、学生工作处、招生与就业工作处、校友发展与服务中心（江苏省船员服务协会秘书处、中国职教学会学生与安全教育工作委员会秘书处） | 党委人民武装部、士官与军事教育学院 | |
党委安全保卫部、后勤与安全保卫处 | 发展规划与质量管理处、高水平院校建设办公室 | |
| 教务处（公共实训平台管理办公室、大学生素质教育中心） | 科技产业处、高等职业教育研究所（江苏海事学院大学科技园有限企业办事机构、大学科技园管理办公室、长江干线跨省航运企业安全生产标准化考评中心） | |
| 财务处 | 国有资产管理处（招投标中心、南京海源资产管理有限企业办公室） | |
审计处 | 基建处 | |
国际教育交流与合作处、港澳台工作办公室、国际教育学院 | 继续教育与培训管理处、继续教育学院 | |
工会、离退休工作处、关心下一代工作委员会办公室 | 团委（创新创业学院） | |
